Yato et Yukine ont finalement réparé leur relation en tant que dieu et Regalia, et tout le monde est revenu à sa vie quotidienne. Yato reste une divinité mineure et inconnue qui continue à faire des petits boulots pour cinq yens chacun dans l’espoir d’avoir un jour des millions de fidèles et son propre grand sanctuaire. Hiyori Iki n’a pas encore eu l’âme libre de Yato, mais elle aime la vie et se prépare néanmoins à aller au lycée.

Se déroulant immédiatement après la première saison, Noragami Aragoto explore le passé complexe entre Yato et le dieu de la guerre Bishamon. Le dieu féminin a une rancune mystérieuse contre Yato, qui se traduit souvent par des affrontements violents. Cela n’aide pas que le plus fidèle et le plus aimé de Bishamon, Regalia, Kazuma, soit redevable à Yato. Lorsque des vies sont en jeu, démêler ces mystères et autres peut être le seul moyen de corriger les erreurs du passé.