Un an et demi après les événements du thriller psychologique de science-fiction original, Akane Tsunemori continue son travail en tant qu’inspecteur – appliquant les jugements du système Sibyl. Mika Shimotsuki, une jeune femme loyalement aveugle et inflexible à Sibyl, s’ajoute à elle. Alors qu’Akane s’interroge à la fois sur la nature de son travail et sur la légitimité des verdicts de Sibyl, une nouvelle menace inquiétante apparaît.

Un personnage mystérieux a découvert un moyen de contrôler le coefficient de criminalité – un nombre compilé à partir d’analyses mentales qui permet à Sibyl d’évaluer la santé psychologique et d’identifier des criminels potentiels. Grâce à ces moyens, il est capable d’assassiner un exécutant, laissant derrière lui un indice cryptique: “WC?” griffonné dans le sang sur un mur.

Akane et le reste de la Division 1 se retrouvent rapidement à jouer un match mortel contre leur nouvel adversaire, confrontés à un complot menaçant non seulement l’autorité du système Sibyl, mais le fondement même des convictions d’Akane.